博物館が設置された当初、展示施設は五十周年記念講堂2階のホワイエしかなかったため、一般向けの大規模な展示は学外の公共施設を借りて行っていました。これが「公開展示」で、年に一度、福岡市博物館や福岡市立少年科学文化会館などで実施しました。
また、学内でも五十周年記念講堂で様々な展示を行いました。「特別展示」として多様な分野の展示や、学内の最新の研究成果の公開を実施しました。また、学内の多様な標本・資料を紹介する「常設展示」を2002年から開始しました。
2007年には博物館の活動拠点が旧工学部本館に移り、2008年5月に現在の常設展示室がオープンしました。これに伴い、大学のイベントなどで、4階壁画の会議室や3階列品室などを一般公開するようになりました。2005年に整備した第一分館（旧工学部知能機械実習工場）でも一般公開が行われたほか、工場の雰囲気を活かした展示や催しが行われました。
その後、2018年に旧工学部本館に資料を集約し、ようやく学内で大規模な展示ができる環境が整ったといえます。以降、「公開展示」の学内での実施を試み、旧工学部本館内の展示を充実させています。
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1.人骨資料開示室
Human Bone Collection Gallery
2.植物資料開示室
Plant Collection Gallery
3.高壮吉鉱物標本第一開示室
Ko Collection of Minerals First Gallery
4.高壮吉鉱物標本第二開示室
Ko Collection of Minerals Second Gallery
5.高壮吉鉱物標本第三開示室
Ko Collection of Minerals Third Gallery
6.化石閲覧開示室
Fossil Collection Gallery
7.人骨資料開示室
Human Bone Collection Gallery
8.常設展示室
Main Gallery
9.動物剥製標本開示室
Stuffed Animal Collection Gallery
10.動物骨格標本開示室
Skelton Collection Gallery
11.工学部（採鉱学・冶金学科)列品室
Mining & Metallurgy Material Gallery
12.工学系資料開示室
General Engineering Material Gallery
開催｜2000年
場所｜福岡市博物館
期間｜2000/5/16〜6/4
主催｜九州大学、福岡市博物館
協力部局｜農学部附属演習林
開催｜2001年
場所｜福岡市博物館
期間｜2001/12/18〜2002/1/27
主催｜九州大学、福岡市博物館
担当｜九州大学工学研究院 ・地球資源システム工学部門
開催｜2002年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2002/8/16〜9/8
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
協力部局｜理学研究院・薬学研究院・農学研究院・熱帯農学研究センター・生物環境調節センター・遺伝子資源研究センター・総合研究博物館植物研究グループ
開催｜2003年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2003/8/16〜9/7
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
開催｜2004年
場所｜福岡市博物館
期間｜2004/12/17〜2005/1/30
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市博物館
開催｜2005年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2005/8/12〜9/4
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
協力｜株式会社ケイ・ネットワーク、福博総合印刷株式会社
開催｜2006年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2006/7/21〜8/30
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
協力｜日本航空、社団法人日本飛行連盟、福岡空港ビルディング株式会社、北九州エアターミナル株式会社、株式会社アクアシステム、有限会社ファイナルアプローチ、ひこうき雲、ホビーボックス
担当部局｜九州大学総合研究博物館・工学研究院海洋システム工学部門
開催｜2007年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2007/7/21〜8/30
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
協力｜東京農業大学、財)進化生物学研究所、御船町恐竜博物館、九州大学USIこどもプロジェクト
展示担当｜九州大学理学研究院地球惑星科学部門（固体地球惑星科学講座）、九州大学比較社会文化研究院環境変動部門（地球変動講座）
開催｜2008年
場所｜九州国立博物館九州国立博物館
期間｜2009/1/1〜2/8
主催｜九州大学総合研究博物館、九州国立博物館
開催｜2009年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2009/7/18〜8/31
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
開催｜2010年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2010/7/21〜8/30
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館
協力｜九州大学大学院統合新領域学府、有限会社ケイ・ネットワーク
開催｜2011年
場所｜九州国立博物館九州国立博物館
期間｜2011/11/15〜12/18
主催｜九州大学総合研究博物館、九州国立博物館
開催｜2012年
場所｜福岡市立少年科学文化会館
期間｜2012/7/21〜8/30
主催｜九州大学総合研究博物館、福岡市立少年科学文化会館、SAFnet提案機関（九州大学）
共催｜九州大学カーボンニュートラル・エネルギー国際研究所(I²CNER：アイスナー)
開催｜2013年
場所｜福岡県青少年科学館
期間｜2013/12/7〜2014/1/9
主催｜九州大学総合研究博物館
共催｜福岡県青少年科学館
協力｜九州大学大学院 芸術工学研究院齋藤俊文研究室、農学研究院、工学研究院
開催｜2014年
場所｜福岡市役所１階多目的スペース、We Love 天神コミュニティガーデン
期間｜2014/12/20〜12/26
主催｜九州大学総合研究博物館
共催｜九州大学大学院芸術工学研究院
協力｜九州大学感性融合デザインセンター
開催｜2015年
場所｜箱崎地区旧工学部本館
期間｜2015/11/13〜11/23
主催｜九州大学総合研究博物館
協力｜むかわ町立穂別博物館・北海道大学総合博物館・JAXA・九州大学理学研究院・九州大学基幹教育院
開催｜2016年
場所｜福岡県立美術館・九州大学総合研究博物館
期間｜2016/10/8〜11/13
主催｜九州大学、福岡市博物館九州大学、福岡市博物館
共催｜九州大学医学歴史館・九州大学大学院人文科学研究院・九州大学大学文書館
協力｜九州大学大学院医学研究院
開催｜2017年
場所｜天神地下街イベントコーナー、箱崎地区旧工学部本館、志摩歴史資料館
期間｜2017/8/15〜8/31
主催｜九州大学総合研究博物館
共催｜志摩歴史資料館
協力｜埼玉県立自然の博物館・吉田雅則
協賛｜(株)幻冬舎
学内協力｜九州大学農学研究院・九州大学比較社会文化研究院・九州大学基幹研究院・九州大学熱帯農学研究センター
開催｜2018年
場所｜箱崎地区旧工学部本館
期間｜2018/5/12〜3/29
主催｜九州大学総合研究博物館
開催｜2019年
場所｜箱崎地区旧工学部本館
期間｜2019/11/9〜11/17
主催｜九州大学総合研究博物館